2月23日，中国足协纪律委员会在宣布完对广药、成足、青岛海利丰三支涉假球队的处罚决定后，还宣读了国际足联对南京有有俱乐部的处罚决定。国际足联做出了扣除南京有有2009年中甲联赛积分6分、并罚款5万元的决定。同时在2010年中甲比赛中，南京有有将减少1名外援出场名额。

2008年10月24日，国际足联来函要求南京有有俱乐部支付该俱乐部所属波黑外援的相关款项，但南京有有俱乐部未在规定日期内支付。2009年12月21日，国际足联做出扣除南京有有中甲联赛积分6分的决定，并罚款5万元。同时在2010年中甲比赛中，南京有有将减少1名外援出场名额。